Sementara di organisasi, Nikson pernah menjabat di sejumlah asosiasi bidang konstruksi.
Pernah menjabat sebagai Sekretaris Umum hingga Ketua Badan Pimpinan Cabang Gabungan Pelaksana Konstruksi Nasional Indonesia (BPC Gapensi) Jakarta Pusat, Wakil Ketua Kamar Dagang dan Industri Indonesia (Kadin) DKI Jakarta.
Baca Juga:
Nikson Silalahi, Putra Parongil Dairi Terpilih Aklamasi sebagai Ketum GEKIRA 2025–2030
Pernah menjadi Pengurus Unsur Pengarah Unit Sertifikasi Badan Usaha Lembaga Pengembangan Jasa Konstruksi (LPJK) Provinsi DKI Jakarta.
Juga pernah menjabat Wakil Ketua Umum DPP Asosiasi Kontraktor Air Indonesia (DPP Akaindo).
Saat ini Nikson juga menjabat sebagai Wakil Ketua Umum (Waketum) Badan Pimpinan Pusat Gabungan Pelaksana Konstruksi Nasional Indonesia (BPP GAPENSI), dan Sintua/Penatua di gereja HKBP Jatisampurna.
Baca Juga:
Buka Kongres 2025, Sekjen Gerindra Ahmad Muzani Ajak Gekira Dukung Program Asta Cita Prabowo
Nikson juga pernah menjabat sebagai Ketua DPP Bidang Pertambangan dan Energi Gerakan Angkatan Muda Kristen Indonesia (GAMKI).
Terbaru, Nikson dipercaya sebagai Ketua Umum Pimpinan Pusat Gerakan Kristiani Indonesia Raya (PP GEKIRA) masa bakti 2025-2030.